Selon Hubert Deschamps – qui fut, à l’heure de l’indépendance, le grand historien de Madagascar – « La période 1500-1810 voit une nouvelle conception politique, celle des royaumes, se superposer aux clans malgaches primitifs en les groupant en unités plus larges et hiérarchisées… » Une tribu royale dominante s’impose alors à ses voisines et établit un système de type féodal. Il ne s’agit alors que de royaumes de faible étendue au sein desquels clans et tribus conservent leurs identités et seul le royaume mérina entreprendra tardivement la réalisation d’une véritable unité politique de type étatique. Dans le sud-est de l’île, les principaux ensembles identifiables sont le royaume Antemoro de la région de la Matitana, et juste au nord, celui des Antamabahoaka de la Manajary. Plus au sud, diverses principautés se succédèrent dans le pays de l’Anosy. À l’ouest de celui-ci s’étendait l’Androy ou « pays des ronces » peuplé par les Antandroy, demeurés divisés en tribus guerrières. Anriandahifotsi (1610-1685) est le fondateur de la grandeur sakalave et ses successeurs dirigent le royaume de Menabé jusqu’au début du XIXe siècle. Sur la côte nord-est, le relief très compartimenté ne favorisait pas initialement l’installation de grands ensembles territoriaux et les Antanosi de Sainte-Marie ou les Antemaro de la baie d’Antongil étaient des interlocuteurs familiers aux Européens. Au début du XVIIIe siècle, Ratsimilaho fonde dans ces régions le royaume des Betsimisaraka et s’empare de Tamatave. Il s’allie au royaume sakalave du Boina mais meurt en 1750, ce qui entraîne rapidement la décadence de son royaume. Son petit-fils Zakavola sera même victime d’une révolte de ses sujets en 1803. La fin du XVIIIe siècle voit également s’organiser, à partir de la côte orientale, de puissantes expéditions maritimes qui ont pour objectif le pillage des îles de l’archipel des Comores et de divers secteurs de la côte africaine. Ces expéditions peuvent rassembler des milliers de guerriers embarqués sur des centaines pirogues très simples et n’engagent donc que des moyens navals très limités mais les destructions infligées aux pays visés n’en sont pas moins considérables. Le centre du plateau intérieur voit prospérer durant toute cette période les royaumes betsiléo de Lalangina, Arindrano, Isandra – qui connaît son apogée au XVIIIe siècle sous le règne de Andriamanalina – et Manandriana. Demeurés divisés du fait de la nature montagneuse de la région, les royaumes betsiléo seront finalement placés, au début du XIXe siècle, sous la suzeraineté du royaume mérina. Dans le centre de la partie septentrionale de l’île, le XVIe siècle a vu la naissance d’une petite principauté dirigée par Andriamanelo qui est à l’origine du royaume mérina, principauté dont la capitale s’installe au XVIIe siècle à Ambohitrabiby, au nord-est de l’actuelle Tananarive. En 1787, Andrianampoinimerina « le seigneur au cœur de l’Imerina » est porté au pouvoir après le renversement de son oncle.

1787-1810 : Règne de Andrianapoinimerina qui s’empare en 1796 de Tananarive, capitale d’une autre principauté mérina, et soumet l’ensemble de la région. Il développe ensuite son influence dans les autres royaumes de l’île et impose en parallèle son autorité sacrée sur son propre État. Il dispose d’une armée puissante, impose des corvées et exige de tous ses sujets qu’ils travaillent, en même temps qu’il impose un système réglementé de poids et mesures. À la veille de sa mort, il désigne comme successeur Radama, l’un de ses vingt-quatre enfants.