On a longtemps considéré – faute de trouvailles archéologiques significatives – que Madagascar n’avait pas été occupée avant la fin du premier millénaire après J.-C., c’est-à-dire à une époque très récente. Quand ils commencèrent à s’intéresser de manière scientifique aux populations et à l’histoire de l’île, les Européens constatèrent rapidement que les langues pratiquées dans la grande île appartenaient au rameau indonésien de la famille malayo-polynésienne, ce qui semblait signifier une origine orientale du peuplement, mais cette constatation apparaissait en contradiction avec les caractéristiques anthropologiques à dominante nettement africaine de la plupart des populations indigènes, les traits indonésiens s’étant en revanche maintenus très nettement chez les Mérina et les Betsileo du nord, notamment dans les castes aristocratiques. La reconstitution des périodes obscures de l’histoire malgache se révélait alors particulièrement difficile mais les découvertes archéologiques effectuées au cours des trois dernières décennies sur la côte orientale de l’Afrique, à Zanzibar, dans l’archipel des Comores et dans le nord de Madagascar ont permis d’élargir les horizons de la recherche ; la relecture des textes anciens tels que le célèbre Périple de la Mer Erythrée contemporain du Ier siècle après J.-C., la Géographie de Ptolémée qui date du IIe siècle ou les ouvrages des auteurs arabes – notamment Idrisi qui vécut au XIIe siècle – a permis, en l’absence de sources perses sassanides ou indiennes qui auraient pourtant été précieuses, de faire avancer notre connaissance de l’apparition des hommes dans la grande île de l’océan Indien. Les expéditions maritimes de Tim Severin et de Bill Mac Grath – qui ont respectivement suivi, à bord du Sohar et du Sarimanok, les deux itinéraires qu’ont pu emprunter les immigrants austronésiens, l’un par le nord de l’océan Indien, l’autre par la voie directe reliant Bali à Madagascar – ont permis de reconstituer les conditions des migrations maritimes qui semblent s’être poursuivies assez régulièrement jusque vers le XIIIe siècle, c’est-à-dire jusqu’à l’époque marquée par la fin de l’Empire indonésien de Srivijaya. Peut-être désignée sous le nom de Menouthias dans le Périple de la Mer Erythrée, ou faisant partie de l’ensemble Kmr d’Idrisi – qui comprenait également les Comores ainsi que Zanzibar et Pemba – Madagascar a dû accueillir ses premiers occupants au cours des premiers siècles de l’ère chrétienne, les plateaux n’étant abordés que vers les Ve-VIIe siècles. C’est durant ces longues périodes que semble s’être opérée la prise de contact entre des populations africaines d’origine bantoue et les immigrants austronésiens venus de l’est. Les études réalisées dans les années soixante par Pierre Vérin dans le nord de Madagascar, sur les sites d’Irodo (IXe siècle) et de Mahilaka (XIIe siècle), les fouilles effectuées à Mayotte, l’île la plus orientale des Comores, notamment sur les sites de Bagamoyo et de Dembeni, et sur la côte africaine à hauteur de Kilwa conduisent à penser qu’une culture commune s’étendit du IXe au XIIIe siècle du sud de la Somalie au Mozambique en incluant les Comores et sans doute le nord de Madagascar dont les habitants trafiquaient avec ceux de l’archipel voisin où ils allaient peut-être, si l’on en croit les auteurs arabes, chercher d’importantes quantités d’esclaves. Réalisées sur une distance de 6 000 km (les langues malgaches sont très proches de celles du sud de Bornéo), les migrations maritimes en provenance de l’archipel indonésien ne purent s’effectuer qu’à bord de grands vaisseaux dont on sait maintenant que les gens de Sumatra savaient les construire à l’époque de l’empire de Srivijaya. Ces migrations et l’installation qui suivit à Madagascar demeurent encore très difficiles à reconstituer dans la mesure où les cultures austronésiennes étaient des civilisations du végétal – y compris pour la fabrication des récipients de bambou – et n’ont de ce fait laissé, pour ces périodes très anciennes, que très peu de traces identifiables susceptibles d’être exploitées par les archéologues, si l’on excepte les marmites de chloritoschite découvertes sur le site de Vohémar, sur la côte nord-est de Madagascar, qui sont très proches d’objets analogues découverts à Dembeni (aux Comores) et sur la côte africaine.

La question des étapes du peuplement de Madagascar a fait l’objet de vifs débats dès la fin du XIXe siècle, au moment où Alfred Grandidier rassemblait les informations nécessaires à la réalisation des grands ouvrages qu’il consacra à l’histoire et à la géographie de l’île. Selon lui, les populations noires de l’île étaient d’origine mélanésienne et auraient vu arriver ensuite des Javanais, ancêtres des Mérina, les apports africains et musulmans étant plus tardifs. Gabriel Ferrand privilégiait à l’inverse la thèse de l’origine africaine des populations installées avant l’arrivée des ancêtres indonésiens des Mérina. Hubert Deschamps pensait qu’un métissage s’était produit vers le milieu du premier millénaire entre des Indonésiens venus par le nord de l’océan Indien et des populations est-africaines. Les populations proto-malgaches ainsi formées auraient été rejointes ultérieurement par de nouveaux immigrants indonésiens et par des Africains importés comme esclaves par le relais des Comores. Il faut ajouter à ces diverses hypothèses celle relative aux Vazimba, premiers occupants plus ou moins mythiques de l’île, que l’ethnologue Jean Poirier a supposé être parents des populations bushmanoïdes d’Afrique australe… Les premiers Paléoindonésiens – sans doute métissés d’éléments africains – pratiquaient la navigation et la pêche ainsi que la culture sur brûlis, selon des méthodes identifiées chez certaines populations de Bornéo. Naviguant en direct depuis leur archipel d’origine ou empruntant un itinéraire passant par le sud de l’Inde ou les Maldives, les Néo-Indonésiens seront les derniers venus des migrations orientales au début du deuxième millénaire de notre ère. Ils connaissent la métallurgie du fer, pratiquent la poterie et bâtissent des villages fortifiés très caractéristiques. Alors que l’immigration d’origine indonésienne prend fin vers le XIIIe siècle, les apports africains facilités par la traite des esclaves se maintiennent tout au long des siècles suivants.

La langue et la communauté de culture donnent une certaine unité à la population malgache qui n’en est pas moins très diverse sur le plan anthropologique puisqu’il est possible de distinguer une vingtaine de groupes ethniques présentant chacun des caractères spécifiques. La répartition de ces groupes est largement déterminée par la géographie. Un premier semble correspondre à la côte orientale et au gradin qui sépare, à l’est de l’île, les deux falaises constituant les marches d’accès au Plateau, occupé lui-même par un deuxième groupe, un troisième correspondant à la côte occidentale et aux régions périphériques du nord et du sud de l’île.

Occupée par les marais des basses terres ou par la forêt, la zone orientale abrite, au nord, les Betsimisaraka installés dans la partie la plus humide de l’île où ils cultivent le riz. Les Antemoro, les Antesaka et les Antanosy sont les groupes les plus importants de ceux qui occupent le sud de la côte orientale. Les Bezanozano et les Sihanaka, installés à proximité du lac Alaotra, contrôlent l’espace séparant les deux falaises abruptes qui dominent à l’est les plaines côtières.

Le plateau est occupé au nord par les Tsimihety alors que les Mérina sont installés au centre, c’est-à-dire l’Imerina ou pays de Tananarive. Ils sont divisés en castes ; les Andriana et les Hova sont les castes supérieures à la peau claire de nobles et d’hommes libres alors que les Mainty sont des Noirs libres et les Andevo d’anciens esclaves définitivement affranchis après la conquête française de 1896. Ce sont les Mérina, installés sur le plateau au XIVe siècle, qui ont réussi à soumettre, au XIXe siècle, les deux tiers de l’île.

Les Betsileo sont installés dans les régions montagneuses plus méridionales et les Bara, éleveurs à demi-nomades, occupent le sud du plateau. Établies dans une zone plus sèche, les populations de l’ouest vivent surtout de l’élevage et de la pêche pour celles qui vivent sur la côte. Les Sakalaves – dont le nom est celui d’une rivière affluent du fleuve Mangoky – ont formé au XVIIe siècle les deux grands royaumes de Ménabé et de Boina mais ils ont dû subir ensuite la domination mérina. Les Antandroy ou « Gens des ronces » occupent la partie centrale de l’extrême-sud de l’île. Quelques groupes très peu nombreux, présentés parfois comme les descendants des supposés aborigènes Vazimba vivaient dans les régions forestières de la chasse et de la cueillette.